ATS:n hallituksena toimii johtokunta, jonka muodostavat puheenjohtaja, varapuheenjohtaja, sihteeri, rahastonhoitaja sekä vähintään kolme ja enintään viisi muuta jäsentä. Johtokunnan jäsenet valitaan vuosikokouksessa. Johtokunnan keskuudesta valitaan vuosikokouksessa puheenjohtaja, varapuheenjohtaja, sihteeri ja rahastonhoitaja.
Johtokunnan tehtävänä on hoitaa yhdistyksen juoksevat asiat, toteuttaa yhdistyksen kokousten päätökset, vastata yhdistyksen taloudenhoidosta, valmistella yhdistyksen kokoukselle tehtävät asiat ja edustaa yhdistystä ulospäin.
Johtokuntaa avustaa tehtävissään joukko eri vastuualueiden toimihenkilöitä, hoitaen esimerkiksi kansainvälistä yhteistyötä, ekskursiojärjestelyjä ja www-sivuja.
